Η μέθοδος έχει μεγάλη αξιοπιστία (70-97%) και εξαρτάται από την εμπειρία του ακτινολόγου και του κυτταρολόγου. Συχνά όμως παρουσιάζει ψευδή αρνητικά αποτελέσματα (20%). Για το λόγο αυτό επιβάλλεται η επανάληψη της μεθόδου ανά διαστήματα. Σε περίπτωση ανεπαρκούς υλικού αυτό μπορεί να οφείλεται στην κυστική εκφύλιση του όζου.

Η FNA βοηθά επίσης στη διάγνωση του αδενώματος (καλοήθης όζος του θυρεοειδούς) που απαντάται σε ποσοστό (5-10%) όπως επίσης και των εστιών θυρεοειδίτιδος, μιας ιδιαίτερα συχνής πάθησης του θυρεοειδούς, που μοιάζουν με θυρεοειδικούς όζους.