Ο θυρεοειδής αδένας ψηλαφάται προσεκτικά και εντοπίζεται, κλινικά και υπερηχογραφικά, ο όζος (ή οι όζοι) που θα παρακεντηθεί. Η διαδικασία θα πρέπει να εξηγείται προσεκτικά και, αφού απαντηθούν πλήρως όλες οι ερωτήσεις του ασθενούς, ζητείται η γραπτή συγκατάθεσή του για την παρακέντηση. 

Συνήθως δε χρειάζεται τοπική αναισθησία, αλλά αν είναι απαραίτητη και δεν αναφέρεται στο ιστορικό αλλεργία στα τοπικά αναισθητικά, εφαρμόζεται είτε ένεση (αμέσως πριν) είτε κρέμα τοπικού αναισθητικού (30-60’ πριν την παρακέντηση). Η παρακέντηση θυρεοειδούς διαρκεί μονάχα λίγα λεπτά, ενώ η συνολική παραμονή του ασθενούς στο ιατρείο περίπου 30-45’.

Η παρακέντηση θυρεοειδούς πραγματοποιείται στο ιατρείο με τον ασθενή να τοποθετείται σε ύπτια θέση με υπερέκταση του λαιμού για να εκτίθεται περισσότερο ο θυρεοειδής, ενώ για στήριξη τοποθετείται ένα μαξιλάρι κάτω από τους ώμους. Ο ασθενής καλείται να μην καταπίνει, να μην ομιλεί και να μη μετακινείται όσο η βελόνα παραμένει εντός του θυρεοειδούς αδένα.

Αφού ολοκληρωθεί η παρακέντηση, συνιστάται η ολιγόλεπτη παρακολούθηση των ασθενών, επειδή μπορεί να εμφανιστούν συμπτώματα ζάλης ή πόνου. Κατόπιν, οι ασθενείς μπορούν να επιστρέψουν στις καθημερινές τους δραστηριότητες.