Ακρογωνιαίος λίθος για την πρόληψη από τη λοίμωξη από τον ιό HPV αποτελεί ο εμβολιασμός με ένα από τα διαθέσιμα εμβόλια εναντίον του HPV. Ο εμβολιασμός για να έχει το μέγιστο της αποτελεσματικότητας θα πρέπει να γίνει πριν την έναρξη των σεξουαλικών επαφών σε άνδρες και γυναίκες με προτεινόμενη ηλικία εμβολιασμού 11-12 ετών.  Βέβαια ακόμη και μετά την έναρξη των σεξουαλικών επαφών υπάρχει όφελος από τον εμβολιασμό με το εμβόλιο HPV.

Είναι διαθέσιμα 3 είδη εμβολίων έναντι του ιού HPV που προστατεύουν διαφορετικό φάσμα τύπων του ιού:

●    Το Gardasil-9 βοηθά στην πρόληψη έναντι 9 τύπων του ιού HPV  6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, και 58. Παρέχει προστασία από τους τύπους του ιού που ευθύνονται για το 90% του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Προστατεύει επίσης από τους τύπους του ιού (6,11)  που ευθύνονται για το 90% των κονδυλωμάτων.

●   Το Silgard βοηθά στην πρόληψη έναντι 4 τύπων του ιού HPV 6, 11, 16, και 18.  Παρέχει προστασία από τους δύο υψηλού κινδύνου τύπους του ιού (16,18) που ευθύνονται για περίπου 70% των περιπτώσεων του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Προστατεύει επίσης από τους τύπους του ιού (6,11)  που ευθύνονται για το 90% των κονδυλωμάτων.

●   Το Cervarix  βοηθά στην πρόληψη των τύπων 16 και18. Παρέχει προστασία από τους δύο υψηλού κινδύνου τύπους του ιού (16,18) που ευθύνονται για περίπου 70% των περιπτώσεων του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Το Cervarix  δεν προστατεύει από τα γεννητικά κονδυλώματα που προκαλούνται κυρίως από τους τύπους  6 και 11 του ιού HPV.

Η χρήση προφυλακτικού κατά τις σεξουαλικές επαφές δεν εξαλείφει εντελώς τον κίνδυνο μετάδοσης του ιού HPV αλλά επιστημονικές μελέτες δείχνουν ότι μειώνει τον κίνδυνο.

Η αποχή από τη σεξουαλική επαφή και η μονογαμία με ένα μη μολυσμένο σύντροφο είναι τρόπος πρόληψης από τη λοίμωξη από τον HPV αλλά δεν είναι μέθοδος που θα μπορούσε να υιοθετηθεί στην καθημερινή ζωή.