Η αρχική θεραπευτική αντιμετώπιση της μικροοζώδους και της πολυοζώδους βρογχοκήληςσίγουρα είναι φαρμακευτική. Η καταστολή του αδένα με θυροξίνη σε μεταβαλλόμενες δόσεις, έχει αποδειχθεί ότι είναι ευνοϊκή σε ένα ποσοστό των ασθενών, αλλά όχι τελείως αποτελεσματική. Ενώ η αρχική μείωση του όγκου της βρογχοκήλης είναι ιδιαίτερα σημαντική και ενθαρρυντική, με την πάροδο του χρόνου η προοδευτική διόγκωση είναι συνήθως αναπόφευκτη.

Η αύξηση της δόσης της θυροξίνης στην προσπάθεια για μεγαλύτερη καταστολή έχει αποδειχθεί περισσότερο προβληματική παρά αποτελεσματική, κυρίως στους υπερήλικες και σε ασθενείς με καρδιακά προβλήματα. Από τις ενδείξεις για τη χειρουργική αφαίρεση πρωτεύει αυτή όπου υπάρχει διάγνωση ή υποψία κακοήθους εξεργασίας.

Επίσης σοβαρή ένδειξη έχει η ευμεγέθης καταδυόμενη βρογχοκήλη, ιδίως αυτή που προκαλεί πιεστικά φαινόμενα (δύσπνοια, δυσκαταποσία, βράγχος φωνής) και αυτή που έχει μεταβληθεί σε τοξική με συμπτωματικό υπερθυρεοειδισμό. Είναι γνωστό πως τα αντιθυρεοειδικά φάρμακα προκαλούν υπερπλασία του θυρεοειδικού παρεγχύματος.

Εάν αυτό συμβεί σε μία καταδυόμενη βρογχοκήλη που ήδη βρίσκεται εγκλωβισμένη σε περιορισμένο χώρο στο άνω μεσαύλιο, οι επιπτώσεις θα μπορούσαν να είναι ιδιαίτερα επικίνδυνες στον άρρωστο εξαιτίας των πιεστικών φαινομένων

. Η ευμεγέθης μη καταδυόμενη βρογχοκήλη συνήθως χειρουργείται μετά από χρόνια καταστολή με θυροξίνη και εφόσον δεν εμφανιστεί η αναμενόμενη βελτίωση ή όταν ανακύψουν τραχηλικές ενοχλήσεις ή αισθητικά προβλήματα. Η χειρουργική στρατηγική που επικράτησε για πολλά χρόνια στην πολυοζώδη βρογχοκήλη ήταν η αμφοτερόπλευρη υφολική θυρεοειδεκτομή, αφήνοντας υπολειμματικό κολόβωμα (παθολογικού ιστού) στο κεντρικό μέρος του κάθε λοβού.

Η μακροχρόνια εμπειρία με την επέμβαση αυτή έδειξε μεγάλο ποσοστό υποτροπών, παρά την θεραπεία με θυροξίνη που ακολουθούν οι ασθενείς, αναγκάζοντας ένα μέρος αυτών των ασθενών να υποβληθούν σε επανεγχείρηση μετά από μερικά χρόνια. Τα τελευταία 20 χρόνια εφαρμόζεται η σχεδόν ολική ή η ολική θυρεοειδεκτομή .

Με τον τρόπο αυτό και με τη θεραπεία υποκατάστασης με θυροξίνη, αποκλείεται τόσο η υποτροπή της νόσου όσο και οι επιπλοκές της επανεγχείρησης.