Με την FNAC μπορούν να ελεγχθούν ψηλαφητές αλλοιώσεις όπως αλλοιώσεις μαστού, λεμφαδένες, ογκόμορφες ή εξελκωμένες δερματικές βλάβες, διογκώσεις σιελογόνων αδένων, διογκώσεις οστών και μαλακών μορίων, βλάβες βλεννογόνων στόματος και χειλέων, βλάβες οφθαλμικού κόγχου και διογκώ σεις θυρεοειδούς αδένα. Με την καθο δήγηση αξονικού τομογράφου ή υπερη χογραφίας, μπορούν να ελεγχθούν κυτταρολογικά βλάβες πνεύμονα, μεσοθωρακίου, ήπατος, παγκρέατος, νεφρών, επινεφριδίων, εν τω βάθει λεμφαδένων, όγκων οπισθοπεριτοναϊκού χώρου  και εν τω βάθει όζοι θυρεοειδούς.

Η μέθοδος δεν ανταγωνίζεται την ιστολογική εξέταση, ούτε επιζητά να την υποκαταστήσει όπου αυτή είναι ενδει κνυόμενη. Υπάρχουν αρκετές διαγνωστικές και προγνωστικές παράμετροι που ικανοποιούνται μόνο με την εξέτα ση ιστοτεμαχιδίου. Αυτές αφορούν:

1. Περιπτώσεις στις οποίες η δομή του νεοπλασματικού ιστού έχει πρωτεύοντα ρόλο στη διάγνωση.
2. Περιπτώσεις στις οποίες καθοριστικός είναι ο τρόπος και το βάθος διήθησηςτων ιστών καθώς και ο έλεγχος των ο ρίων της βλάβης.
3. Όταν είναι απαραίτητος ο καθορισμός ιστολογικού βαθμού διαφοροποίησης πριν την εφαρμογή οποιασδήποτε θε ραπείας και
4. Περιπτώσεις όπου η μελέτη των κυτ ταρικών μόνο χαρακτήρων δεν επιτρέ πει την ασφαλή διάγνωση, τόσο ως προς την κακοήθεια ή μη των παρατηρούμε νων στοιχείων όσο και ως προς την προ έλευση αυτών.

Οι ενδείξεις εφαρμογής της κυτταρο λογικής διάγνωσης στην κλινική πράξη φαίνεται να ποικίλουν ανάλογα με το προς εξέταση όργανο. Στην περίπτωση ψηλαφητού ογκιδίου μαστού η ανώδυνη λήψη υλικού και η προσφερόμενη τα χεία και αξιόπιστη διάγνωση προστίθε ται στην κλινική εξέταση και τον μα στογραφικό έλεγχο που οπωσδήποτε προηγούνται οποιουδήποτε θεραπευτι κού χειρισμού, δεδομένου ότι δεν είναι πρακτικά δυνατό ούτε δεοντολογικά ορ θό να οδηγούνται στο χειρουργείο όλες οι περιπτώσεις ψηλαφητής βλάβης του μαστού.

Αξίζει εδώ να σημειωθεί ότι ενώ κάθε μία ξεχωριστά από τις προαναφερόμε νες διαγνωστικές προσεγγίσεις (κλινική εξέταση και μαστογραφία) δεν υπερβαί νουν σε αξιοπιστία ποσοστό 70%  έως 89% σύμφωνα με διεθνή βιβλιογραφικά δεδομένα, και τις τρεις μαζί, συμπερι λαμβανομένης και της κυτταρολογικής εξέτασης, επιτυγχάνουν ποσοστό 99% ορθής προεγχειρητικής διάγνωσης. Έτσι διευκολύνεται σημαντικά ο κλινικός προγραμματισμός και οι προτεραιό τητες νοσηλείας, αποσυμφορείται το χειρουργείο, προετοιμάζεται ψυχολογι κά  η  ασθενής  και  τέλος προγραμματίζονται και ενδεχομένως επιταχύνονται άλλες κλινικοεργαστηριακές εξετάσεις. Εξ άλλου σε περιπτώσεις καρκίνου του μαστού, τόσο πρωτοπαθούς όσο και με ταστατικού, η δυνατότητα ποσοτικής και ποιοτικής ανίχνευσης ορμονοϋποδοχέων που επιτυγχάνεται με τις σύγχρονες α νοσοκυτταροχημικές μεθόδους (και με ελάχιστο αριθμό κυττάρων, σε σχέση με τη βιοχημική μέθοδο), επιτρέπουν την άμεση έναρξη ορμονοθεραπείας όπου αυτή ενδείκνυται. Το κόστος και σε αυτή την περίπτωση παραμένει χαμηλό, ενώ η ταχύτητα των αποτελεσμάτων (σε δύο ώρες) αποτελεί σημαντικό   παράγοντα ευχέρειας στην κλινική πράξη.

Άλλη εξίσου σημαντική παράμετρος χρησιμότητας της μεθόδου αποτελεί η δυνατότητα παροχής πληροφοριών σχε τικά με την πρόγνωση της εκάστοτε νε οπλασίας, ανάλογα με το ποσό του πυ ρηνικού DNA (ποσοστό ευπλοειδικών και ανευπλοειδικών κυττάρων του ό γκου) που επιτυγχάνεται με τα σύγχρο να μηχανήματα κυτταρομετρίας (flow and image cytometry).

Τέλος ο έλεγχος τυχόν υποτροπών με τά χειρουργική θεραπεία ή ακτινοθερα πεία απαλλάσσει την ασθενή από ά σκοπη ταλαιπωρία, ενώ το κέρδος χρό νου είναι σημαντικότατο, δεδομένου ότι η κυτταρολογική διάγνωση τόσο για λό γους τεχνικούς όσο και μεθοδολογικούς επιτυγχάνεται σε διάστημα το πολύ μισής ώρας.