Η ενεργότητα του ιού ελέγχεται με την έκφραση των γονιδίων Ε6 και Ε7, τα οποία παράγουν τις ομώνυμες ογκοπρωτεΐνες που οδηγούν σταδιακά σε ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό και κακοήθη μετασχηματισμών των μολυσμένων επιθηλιακών κυττάρων.