Το HPV εμβόλιο μπορεί να ωφελήσει τις γυναίκες με HIV λοίμωξη και τις σεξουαλικά ενεργές γυναίκες.   Οι γυναίκες με τον ιό HIV μπορούν να επωφεληθούν από το εμβόλιο για ιό των ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV), παρά το γεγονός ότι έχουν ήδη εκτεθεί στον HPV.  Αν και πολλές γυναίκες μπορεί να έχουν εκτεθεί σε λιγότερο σοβαρές μορφές του ιού HPV, περισσότερο από το 45 τοις εκατό των ενεργά σεξουαλικά νεαρών γυναικών που έχουν αποκτήσει τον ιό  HIV φαίνεται να μην έχουν εκτεθεί στις συνηθέστερες υψηλού κινδύνου HPV μορφές, σύμφωνα με τη μελέτη από το National Institutes of Health research network.

Ο HPV είναι η πιο κοινή σεξουαλικά μεταδιδόμενη μόλυνση στον κόσμο. Ο ιός μπορεί να μολύνει τον πρωκτό και τη γεννητική περιοχή, στο στόμα και το λαιμό των ανδρών και των γυναικών. Υψηλού κινδύνου μορφές του ιού μπορεί να προκαλέσουν καρκίνο, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Οι ερευνητές σημειώνουν ότι οι προηγούμενες μελέτες είχαν δείξει ότι  πολλές γυναίκες με HIV λοίμωξη  ήταν πιο πιθανό από ό, τι οι γυναίκες που δεν έχουν HIV να έχουν καταστάσεις που σχετίζονται με τον HPV, όπως προκαρκινικές καταστάσεις του τραχήλου της μήτρας.  

Μερικοί γιατροί διστάζουν να συνταγογραφήσουν το HPV εμβόλια σε ένα κορίτσι που έχει ήδη αρχίσει να κάνει σεξ, αλλά τα αποτελέσματα αυτής της έρευνας δείχνουν ότι για ένα σημαντικό αριθμό  νεαρών γυναικών, το HPV εμβόλιο μπορεί να προσφέρει ακόμα οφέλη. Αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό ιδίως σε γυναίκες που έχουν HIV λοίμωξη που τις κάνει πιο ευάλωτες στις επιδράσεις του HPV. Το Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων συνιστά τον εμβολιασμό HPV για κορίτσια ηλικίας 11-26. 

Αν ένα άτομο δεν έχει εκτεθεί στον ιό, το HPV εμβόλιο μπορεί να προστατεύσει από τέσσερις τύπους του ιού: HPV-16 και HPV-18 που προκαλούν το 70 τοις εκατό των καρκίνων του τραχήλου και HPV-6 και HPV-11 που προκαλούν το 90 τοις εκατό των γεννητικών κονδυλωμάτων. Στη μελέτη στις γυναίκες που έλαβαν τον πρώτο εμβολιασμό με  HPV, οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι το 12 τοις εκατό είχε μια υπάρχουσα HPV-16  λοίμωξη και το 5 τοις εκατό είχε HPV-18. Λόγω της HIV λοίμωξης, αυτές οι γυναίκες είναι πιο πιθανό να αναπτύξουν καρκίνο του τραχήλου της μήτρας.

Ο προσυμπτωματικός έλεγχος για  καρκίνο του τραχήλου της μήτρας για τις σεξουαλικά ενεργές νεαρές γυναίκες έχει σημαντική κλινική προτεραιότητα. Οι ερευνητές ανέλυσαν δείγματα αίματος και ιστών από 99 HIV-θετικές γυναίκες μεταξύ 16 και 23 ετών, οι οποίες έλαβαν μία αρχική δόση εμβολιασμού για τον ιό HPV. Οι ερευνητές εξέτασαν τα δείγματα για την απόδειξη μιας HPV λοίμωξης, καθώς και για προηγούμενη έκθεση στον ιό. Οι ερευνητές έλεγξαν  για την παρουσία των 41 από τους  100 υπάρχοντες τύπους του ιού HPV, συμπεριλαμβανομένων των 13 τύπων  υψηλού κινδύνου. Βρήκαν ότι 75 τοις εκατό των γυναικών είχαν μια υπάρχουσα HPV λοίμωξη με τουλάχιστον ένα τύπο, με 54 δοκιμές τοις εκατό θετικές για ένα υψηλού κινδύνου τύπου. 

Ωστόσο, κατά την εξέταση των δύο τύπων που προκαλούν το 70 τοις εκατό των καρκίνων του τραχήλου της μήτρας (HPV-16 και HPV-18), οι ερευνητές διαπίστωσαν,  ότι σχεδόν οι μισές από τις γυναίκες δεν είχαν καμία υπάρχουσα μόλυνση.   Άρα ακόμη και μεταξύ των γυναικών που είναι θετικοί για έναν τύπο του ιού HPV, το εμβόλιο μπορεί να αποτρέψει αποτελεσματικά την μόλυνση από τους  άλλους  που προκαλούν καρκίνο Είναι σημαντικό ότι οι γιατροί να μην αρνούνται το εμβόλιο σε αυτές τις περιπτώσεις, νομίζοντας ότι είναι πολύ αργά για ένα εμβόλιο για να είναι αποτελεσματικό.