Ο έλεγχος με HPV-DNA test για την ανίχνευση του ιού HPV εφαρμόζεται τα τελευταία χρόνια για την τυποποίηση του ιού προκειμένου κυρίως οι γυναίκες να γνωρίζουν από ποιον τύπο του ιού (ογκογόνο ή μη) έχουν προσβληθεί. Πραγματοποιείται τόσο συμπληρωματικά στο test Pap σε περίπτωση αμφιβόλων αποτελεσμάτων όσο και διαγνωστικά σε κάποιες περιπτώσεις. Το HPV-DNA test είναι στην ουσία μια εξειδικευμένη μέθοδος με την οποία διαπιστώνεται όχι μόνο αν υπάρχει λοίμωξη από τον ιό, αλλά πιστοποιείται αν ο τύπος του ιού ανήκει στους υψηλού κινδύνου για κακοήθεια ή τους χαμηλού κινδύνου.

Επιπλέον, το HPV DNA τεστ προσφέρει τη δυνατότητα να ονομαστεί επακριβώς ο εκάστοτε τύπος του ιού (π.χ. τύπος 6, 11, 16, 18, 52 κλπ). Η εξέταση αυτή συνδυάζει τεχνικές μοριακής βιολογίας, όπως η μέθοδος της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) και η υβριδοποίηση για την ανάλυση του DNA του ιού, και πραγματοποιείται από εξειδικευμένο μοριακό βιολόγο. Για τη διενέργεια του HPV DNA τεστ λαμβάνεται κατά τη γυναικολογική εξέταση τραχηλικό επίχρισμα όπως κατά τη λήψη του test Pap ή σε περίπτωση κονδυλωμάτων πραγματοποιείται δερματική βιοψία από κάποια υπάρχουσα βλάβη.

Η εξέταση του τραχηλικού επιχρίσματος αφορά σαφώς μόνο τις γυναίκες. Σε αυτές υπάρχει και αυξημένος κίνδυνος εμφάνισης του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας σε περίπτωση μόλυνσης από ορισμένους υπότυπους (π.χ. 16, 18). Είναι εξίσου σημαντικό όμως να διενεργείται HPV DNA test και στους άντρες που στην πλειοψηφία των περιπτώσεων είναι απλά φορείς των πιο επικίνδυνων στελεχών του ιού HPV.

Αυτό μπορεί να γίνει μόνο με τη λήψη δερματικής βιοψίας από τα κονδυλώματα (σε περίπτωση που υπάρχουν) ή από ένα σημείο στη γεννητική περιοχή που εμφανίζει συνήθως αυξημένη δερματική επαφή κατά τη σεξουαλική πράξη. Με αυτό τον τρόπο μπορούν να γνωρίζουν αν έχουν μολυνθεί από τον ιό και από ποιον τύπο αυτού. Στην  Alpha Prolipsis προσφέρεται η δυνατότητα διενέργειας HPV DNA test του λαμβάνοντας δερματική βιοψία στις εξής περιπτώσεις:

 Διενέργεια HPV DNA τεστ σε περίπτωση ύπαρξης ενεργών βλαβών του ιού HPV (κονδυλώματα) όπου πραγματοποιείται εκτομή και λήψη ως δείγμα κάποιας βλάβης (ογκίδιο του HPV)  Διενέργεια HPV DNA τεστ σε περιπτώσεις που δεν υπάρχουν ενεργές βλάβες του ιού HPV (κονδυλώματα) όπου λαμβάνεται τυφλή βιοψία από κάποια περιοχή του δέρματος της γεννητικής περιοχής που εμφανίζει αυξημένο συνήθως φορτίο ο ιός λόγω της έντονης τριβής κατά τη σεξουαλική επαφή.  

Διενέργεια HPV DNA τεστ σε περιπτώσεις που ο ένας σύντροφος πάσχει από HPV λοίμωξη και θέλουμε να ελέγξουμε τη μετάδοση στον άλλον. Επίσης σε γυναίκες που ο σύντροφός τους πάσχει και οι ίδιες έχουν αρνητικό test pap, διενεργείται HPV DNA τεστ που μπορεί να αναδείξει υποκλινική HPV λοίμωξη. Η διαδικασία λήψης του απαραίτητου δείγματος για HPV DNA τεστ είναι αρκετά απλή και πραγματοποιείται υπό τοπική αναισθησία στο σημείο που έχει σε κάθε περίπτωση αποφασιστεί.